Hệ thống chùa tháp thuộc dòng Phật giáo Trúc Lâm kéo dài trên dãy Yên Tử thuộc địa phận của 3 tỉnh Quảng Ninh, Hải Dương, Bắc Giang, được xây dựng chủ yếu dưới thời Trần và thời Lê Trung hưng. Các chùa được xây dựng dưới thời Trần gắn liền với Tam tổ Trúc Lâm (Trần Nhân Tông - Pháp Loa - Huyền Quang), còn chùa tháp Lê Trung hưng gắn với thời kỳ phục hưng của Phật giáo Trúc Lâm thế kỷ XVII, XVIII.

Các nghiên cứu gần đây, đặc biệt là kết quả khảo cổ học đã phát hiện, xác định hàng chục điểm chùa tháp, phân bố chủ yếu ở sườn phía Nam của dãy Yên Tử, từ Côn Sơn (Hải Dương) đến Uông Bí (Quảng Ninh) và tập trung thành 6 cụm: Long Động - Hoa Yên, Ngọa Vân - Hồ Thiên, Quỳnh Lâm, Bác Mã, Thanh Mai và Côn Sơn. Còn ở sườn phía Tây Bắc của dãy Yên Tử (tỉnh Bắc Giang) có một số điểm chùa tháp, quy mô không lớn, mật độ thấp, không thành chuỗi như ở sườn Nam.

Thực tế cho thấy, các chùa thường được đặt trên các triền núi nhưng có độ cao khác nhau. Điều này cũng thể hiện vai trò, chức năng khác nhau của hệ thống chùa Yên Tử. Cụ thể, nhóm chùa nằm ở khu vực đồi thấp hoặc chân núi, thường có độ cao trung bình không vượt quá 100m so với mực nước biển, có thể kể tới như Quỳnh Lâm, Bác Mã (Quảng Ninh), Côn Sơn (Hải Dương). Đây cũng là những khu vực khá gần khu dân cư, địa hình tương đối bằng phẳng, đất đai trù phú. Quy mô các chùa này thường lớn, mặt bằng công trình cá biệt lên đến hàng ngàn m2.

Nhóm chùa thứ 2 được xây dựng trên những núi trung bình, có độ cao khoảng 200-250m so với mực nước biển, phía trước thường là những thung lũng rộng, có nguồn nước dồi dào, đất đai màu mỡ. Điển hình có thể kể tới các chùa như: Ba Vàng, Am Hoa, Trại Cắp, Ba Bậc, Giảng Kinh, Thông Tán ở trên địa bàn Quảng Ninh.

Nhóm thứ 3 là hệ thống các chùa tháp được xây dựng trên núi cao với độ cao trung bình khoảng 500m so với mực nước biển. Các chùa tháp thường được đặt ở phần yên ngựa của các sườn núi, điển hình như Hoa Yên, Vân Tiêu, Am Dược, Hồ Thiên, Ngọa Vân, Đá Chồng…

Qua nghiên cứu cho thấy, vào thời Trần là giai đoạn hình thành và phát triển của Phật giáo Trúc Lâm, các chùa ở chân núi thuận lợi cho việc xây dựng nên không kể tới, còn các chùa ở lưng núi và trên cao có địa hình phức tạp hơn, thường được sắp đặt và bố trí nương tựa vào địa hình tự nhiên, quy mô công trình không lớn, thể hiện rõ triết lý hòa đồng với tự nhiên, hạn chế đến mức thấp nhất can thiệp và làm cải tạo địa hình tự nhiên.

Tuy nhiên, đến thời Lê Trung hưng là giai đoạn phục hưng mạnh mẽ của dòng Phật giáo Trúc Lâm, các chùa này đều diễn ra việc san gạt, xây đắp, cải tạo mặt bằng theo kiểu của các công trình ở đồng bằng, trong đó có nhiều công trình cải tạo với quy mô lớn, như chùa Hoa Yên, Am Hoa, Hồ Thiên, Ngọa Vân và Đá Chồng. Như vậy, vào giai đoạn này thì triết lý hài hòa, nương tựa vào tự nhiên ngày càng suy giảm, thay vào đó là cải tạo địa hình tự nhiên, tạo dựng mặt bằng để xây dựng công trình.

Xét về công năng các chùa cũng có sự khác biệt. Như trên đã nói, các chùa ở dưới thấp và lưng núi có diện tích lớn hơn, gần gũi giữa đạo với đời, là nơi thuận lợi hơn cho việc hoằng dương phật pháp. Các khu vực này có thung lũng, đất đai màu mỡ hơn, vì vậy các chùa ngoài việc tu học đồng thời còn đảm nhiệm việc sản xuất, huy động nguồn lực, chủ yếu là nguồn lương thực phục vụ cho các chùa ở trên núi cao.

Trong khi đó, các chùa trên núi cao chủ yếu đảm nhiệm việc tu học. Sự hiện diện của khu thiền thất ở các chùa này là đặc trưng rõ nét với các thiền thất thường nằm trên cao, phía sau Tam Bảo. Dưới thời Trần, phần lớn các tịnh thất được khai thác, sử dụng là các mái đá tự nhiên, hoặc xây dựng hết sức đơn sơ kiểu thảo am.

Sang thời Lê Trung hưng, các tịnh thất được xây dựng kiên cố với kết cấu vững chắc, xung quanh có tường bao, tiêu biểu như am Hàm Long ở Hồ Thiên, thiền thất ở Đá Chồng… Thời Lê Trung hưng và thời Nguyễn, một số mái đá vốn là thiền thất được chuyển đổi thành nơi thờ tự, không gian đòi hỏi mở rộng, các mái đá được nối thêm phần mái nhân tạo mà tiêu biểu nhất là chùa Một Mái ở Yên Tử…